山东省农业科学院畜牧兽医研究所前身为山东省农业科学研究所（山东省农业科学院前身）1955年成立的畜牧组。1959年4月11日，省人民委员会以（59）鲁农科乙字第442号文批准建立山东省农业科学院畜牧兽医研究所，为最早成立的16个研究所之一，是专门从事畜牧兽医研究的省直科研单位。主要研究领域为：疫病防治与公共卫生、遗传育种与繁殖、种质资源保存与创新利用等领域的基础研究和应用基础研究。
【人才队伍】具有一支结构合理、水平一流的科研团队。现有在职职工102人，其中一线科技人员77人，研究员15人，副研究员28人，助研32人；博士24人，硕士26人，本科20人。硕士以上科研人员占整个科技队伍的64.9%。其中享受国务院政府特殊津贴2人、省有突出贡献的中青年**2人、济南市拔尖人才1人。每年培养硕士生博士生20余人，培养博士后1-2名。
【科研成果】先后获得国家及省部级以上奖励65项，2008、2009连续2年获山东省科技进步一等奖，2010、2011连续2年获国家科技进步二等奖；累计在国内外期刊发表研究性论文200余篇，其中SCI论文40余篇；主编出版专著20多部。第四次（2006-2010年）全国农业科研机构综合科研能力评估中，获得“全国农业科研开发综合实力百强所”称号，总排名第56位，行业排名位居全国第5位。
【承担项目】“十一五”以来共承担国家自然基金、“863”计划、科技支撑计划、现代农业产业技术体系、公益性行业（农业）科研专项、山东省农业良种工程、山东省自然基金、山东省自主创新成果转化重大专项等各类科研项目100余项。立项经费连续3年达2000万以上，拥有4个国家现代农业产业技术体系岗位科学家岗位，2个综合试验站站长岗位，6个山东省现代农业产业技术体系岗位科学家岗位。
【条件平台】拥有山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室、山东省畜禽生物制品工程研究中心、山东省畜禽健康养殖工程技术研究中心、山东省良种猪繁育工程技术研究中心、山东省饲料产业技术创新战略联盟、山东省肉牛生产性能测定中心（农业部）、山东省农业高新技术示范园—畜牧示范区等科研创新平台，是服务“三农”、科技推广工作的基础。
重点实验室配有病原分离鉴定系统、微生物发酵与酶学检测系统、显微操作系统、凝胶图像分析系统、双向电泳系统、胶体检点样系统、种猪性能测定系统、饲料营养成分分析系统、畜产品品质分析系统等先进的仪器设备。拥有气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收光谱仪、荧光定量PCR、超高速冷冻离心机、全自动生化分析仪等先进的大型仪器设备，可满足病原分离鉴定、疫病快速诊断、营养成分分析、畜产品质量检测、胚胎移植等领域实验研究需要。畜牧示范区占地近200亩，建有山东省良种猪繁育工程技术研究中心，良种奶牛场，肉羊示范场，良种兔繁育场，饲料添加剂厂。承担着试验研究、生产经营、示范推广等多项任务，形成了完善的产学研体系，有力地促进了科技成果的转化。
